Biomelucal Modelling Laboratory

Synthetic program:

LABORATORIO DI MODELLISTICA BIOMOLECOLARE Il corso si propone di fornire agli allievi nozioni teoriche e applicative relative ai metodi computazionali più usati per lo studio del comportamento di molecole biologiche (proteine, carboidrati e lipidi). La modellazione computazionale rappresenta un approccio estremamente potente per comprendere la natura dei fenomeni alla nanoscala e la loro relazione con fenomeni biologici a scale di osservazione più alte (fenomeni di diffusione, proprietà meccaniche di materiali artificiali e tessuti naturali, azioni di farmaci etc.). Verranno forniti i concetti base nel campo del molecular modelling; panoramica sui metodi utilizzati in chimica computazionale. Meccanica Molecolare: definizione, caratteristiche generali e forme funzionali di Force Fields. Paramettrizzazione di Force Fields. Minimizzazione. Dinamica Molecolare. Approccio "Coarse grained" per lo studio di proteine e strutture subcellulari. La parte di laboratorio del corso vedrà gli studenti divisi in gruppi ed ad ogni gruppo sarà assegnato un argomento specifico per il quale si richiederà un approfondimento specifico. Ad integrazione delle attività progettuali e per stimolare l'apprendimento attivo, le capacità di strutturazione del pensiero e della conoscenza e il confronto tra colleghi, ogni gruppo di studenti è responsabile di approfondire un tema specifico attinente al progetto in fase di sviluppo, che sarà presentato e discusso con gli altri studenti in modalità flipped/blended classroom. Gli studenti devono acquisire le seguenti competenze, dettagliate secondo i Descrittori di Dublino: A: CONOSCENZA e CAPACITA' DI COMPRENSIONE: conoscenza delle relazioni struttura/funzione di strutture proteiche e dei principali strumenti modellistici. B: CONOSCENZA e CAPACITA' DI COMPRENSIONE: dimostrare di sapere pianificare una strategia sperimentale in modelli di peptidi, saper impostare una analisi in silico di una struttura proteica. C: AUTONOMIA DI GIUDIZIO: saper analizzare la letteratura recente e leggere criticamente i risultati di una simulazione molecolare.